認為應按交通運輸業(yè)稅目交稅的人認為，從事無船承運業(yè)務的企業(yè)是以承運人身份接受托運人的貸載，簽發(fā)自己的提單或運輸證，向托運人收取運費，承擔承運人責任，從事的是運輸經(jīng)營活動。因此，應按交通運輸業(yè)稅目交稅。
認為應按服務業(yè)稅目交稅的人認為，交通運輸業(yè)是指使用運輸工具或人力、畜力將貨物或旅客送達目的地，使其空間位置得到轉移的業(yè)務活動。雖然無船承運人在無船承運業(yè)務中擔當承運人的身份，但并沒有從事稅法規(guī)定的運輸經(jīng)營活動。無船承運人在其經(jīng)營活動中只不過是以自己的名義而不是以承運人的名義簽發(fā)提單。其取得的收入雖然稱為運費，但其實際所得仍然是提供運輸經(jīng)營的組織活動所取得的服務費收入，不管這種牧入是代理性質的服務費收入還是其他性質的服務費收入。因此，無船承運業(yè)務仍然要按照服務業(yè)稅目征稅。
隨著貨運代理人規(guī)模的不斷增大、實力的不斷增強，其業(yè)務范圍也不斷擴展。有的貨運代理人除從事貸運代理業(yè)務之外，還從事運輸、倉儲等經(jīng)營活動。這些經(jīng)營活動雖然都征收營業(yè)稅，但屬于不同的營業(yè)稅稅目，稅率不同。根據(jù)稅法規(guī)定，納稅人兼有不同稅目應稅行為的，應當分別核算不同稅目的營業(yè)額；未分別核算營業(yè)額的，從高適用稅率。因此；貨運代理人應將各種經(jīng)營活動取得的收入分別核算，避免因會計處理不當而造成多交稅款的結果。
另外，如果貨運代理人從事財產租貨、貨物運輸或倉儲保管或等經(jīng)營活動，應注意繳納印花稅。租賃機動車輛、機械設備、船舶等的，應按財產租賃合同金額的千分之一繳納印花稅。從事貨物運輸?shù)?，應按貨物運輸合同金額的萬分之五繳納印花稅。從事倉儲、保管業(yè)務的，應按倉儲保管合同的干分之一繳納印花稅。對于不開立合同，只開立單據(jù)，或者合同不規(guī)范的，應按實際計算金額繳納印花稅。
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